Người bản thổ Klamath là dân sinh sống đầu tiên trong vùng này. Tên của vùng này là Yulalona hoặc Iwauna có ý nói về hiện tượng của sông Link chảy ngược về thượng nguồn khi gió nam thổi mạnh. Tên cho thác nước là Tiwishkeni, nghĩa là "nước chảy trôi về đâu".

Quê hương của Bộ lạc Modoc ở cách khoảng 20 dặm phía nam của Klamath Falls, và chiến tranh năm 1872 - 1873 là một chiến dịch tổn phí rất cao đối với Kị binh Hoa Kỳ, ước tính là 500.000 đô la Mỹ, tương đương trên 8 tỉ đô la Mỹ của năm 2000. 17 người bản thổ châu Mỹ và 83 người da trắng thiệt mạng .

Đường mòn Applegate mà đi qua vùng hạ Klamath bị đốt cháy năm 1846 từ tây sang đông để tìm một con đường an toàn cho những di dân trên đường mòn Oregon.

Dự án Cải tạo Klamath bắt đầu năm 1906 nhằm rút cạn đầm lầy để canh tác nông nghiệp. Với việc xây kênh chính "A", nước có được đầu tiên vào ngày 22 tháng 5 năm 1907. Các cựu chiến binh Chiến tranh thế giới thứ nhất và Chiến tranh thế giới thứ hai được quyền ưu tiên khai phá các vùng đất được cải tạo này .

TrongChiến tranh thế giới thứ hai, một trại giam giữ người Mỹ gốc Nhật là Trung tâm di dời thời chiến Hồ Tule nằm ở thành phố Newell, California gần đó. Một trại vệ tinh của Trại White, Oregon, đó là một trại tù binh chiến tranh nằm ngay biên giới Oregon-California, gần thị trấn Tulelake, California. Tháng 5 năm 1945, khoảng 30 dặm Anh phía đông của Klamath Falls, (gần Bly, Oregon) một quả bom khinh khí của Nhật đã giết chế một phụ nữ và 5 đứa trẻ trong một chuyến đi chơi ngoài của hội nhà thờ.

Khai thác gỗ qua sử dụng đường sắt khá rộng rãi tại Quận Klamath trong khoảng vài thập niên đầu của thế kỷ 20 , Với tuyến đường sắt Union Pacific được giới thiệu năm 1909, Klamath Falls phát triển nhanh chóng từ một vài trăm người đến một vài ngàn người. Các nhà máy gỗ và công nghiệp nở rộ cho đến cuối thập niên 1980 khi chim Cú phương Bắc và các loài vật có nguy cơ tuyệt chủng đã bắt buộc sự thay đổi về chính sách khai thác rừng miền Tây.